南宋咸淳間（1265～1274）屬臨安縣天目鄉(xiāng)，明代仍之，清乾隆二十四年（1759）黃溪、南章、門塢屬天目一圖，龍溪屬辰隆一圖。
民國初屬金永鄉(xiāng)，民國17年（1928）屬金永區(qū)，民國24年（1935）屬青云鄉(xiāng)，民國30年（1941）屬天目鄉(xiāng)至解放。
1950年為天源鄉(xiāng)龍溪村，1954年為南莊、龍溪、橫溪低級社，1955年為橫溪高級社，1958年為天目山公社南莊、龍溪、橫溪生產(chǎn)隊(duì)，1961年為東天目公社南莊、龍溪、橫溪生產(chǎn)大隊(duì)，1984年為東天目鄉(xiāng)南莊、龍溪、橫溪村，2001年屬太湖源鎮(zhèn)。
2007年村規(guī)模調(diào)整，三村合并為南莊村，轄10個(gè)自然村。
獲評杭州市級文明村和2010年臨安市“綠色家園、富麗山村”建設(shè)精品村。