民國時(shí)屬回龍鄉(xiāng)第十四保，1951年建政為新農(nóng)鄉(xiāng)第三村，1955年建社為萬壽鄉(xiāng)六村十七社，1958年為萬壽公社四管理區(qū)，1962年為萬壽公社六大隊(duì)，1967年改為增產(chǎn)公社六大隊(duì)，1972年仍為增產(chǎn)公社六大隊(duì)，1981年地名普查命名為增產(chǎn)公社三清大隊(duì)，1984年社改鄉(xiāng)時(shí)為增產(chǎn)鄉(xiāng)三清村，1992年撤區(qū)并鄉(xiāng)建鎮(zhèn)后為回龍鎮(zhèn)，三清村，1994年從回龍鎮(zhèn)劃出恢復(fù)建制，名為增產(chǎn)鄉(xiāng)三清村。
2019年，根據(jù)川府民政[2019]9號(hào)文件批準(zhǔn)，劃歸回龍鎮(zhèn)管轄。
2020年，村級(jí)建制調(diào)整，撤銷碗水村和三清村，合并設(shè)立三清村（營府函〔2020〕72號(hào)）。