1949年前隸屬龍靈鄉(xiāng)9保。
1951年改保甲制為村，1953年屬農(nóng)林鄉(xiāng)9村。
1958年改為農(nóng)林公社9大隊(duì)。
1966年更名旭日公社9大隊(duì)。
1970年，將原1隊(duì)分為1組隊(duì)和9隊(duì)。
1971年復(fù)原名。
1981年地名普查時(shí)命名為農(nóng)林公社方家溝大隊(duì)。
1983年定名農(nóng)林鄉(xiāng)方家溝村。
1992年撤鄉(xiāng)建鎮(zhèn)時(shí)改為萬(wàn)善鎮(zhèn)方家溝村。
1994年復(fù)鄉(xiāng)，復(fù)名農(nóng)林鄉(xiāng)方家溝村。
2004年7月更名為寶箴塞鄉(xiāng)方家溝村，2014年10月更名為寶箴塞鎮(zhèn)方家溝村。
2020年5月雙河口村、榆林村并入。