1962年偏關(guān)縣設(shè)15個人民公社,南溝生產(chǎn)大隊隸屬于南堡子公社。
1984年9月,偏關(guān)縣撤銷人民公社,建立鄉(xiāng)鎮(zhèn)人民政府,生產(chǎn)大隊改為行政村,南溝生產(chǎn)大隊改名南溝村民委員會。
2001年偏關(guān)縣并為10個鄉(xiāng)鎮(zhèn),南溝村民委員會隸屬于南堡子鄉(xiāng)。
2020年5月,全縣“并村簡干”,撤銷車道坡村民委員會,并入南溝村民委員會。
2021年1月,偏關(guān)縣撤鄉(xiāng)設(shè)鎮(zhèn),撤銷南堡子鄉(xiāng)和尚峪鄉(xiāng),合并設(shè)立尚峪鎮(zhèn),南溝村民委員會隸屬于尚峪鎮(zhèn)。