1949年屬第三區(qū)。
1952年元月，屬第四區(qū)。
1953年屬師莊鄉(xiāng)。
1958年10月屬紅星人民公社。
1961年5月，成立馮南垣生產(chǎn)大隊(duì)，屬師莊公社。
1967年3月，，馮南垣生產(chǎn)大隊(duì)成立了馮南垣大隊(duì)革命委員會(huì)。
1984年，成立馮南垣村民委員會(huì)，歸屬師莊鄉(xiāng)管轄，2019年行政村合并，馮南垣村民委員會(huì)和曹洼山村民委員會(huì)合并為曹洼山村民委員會(huì)。
2022年，曹洼山村民委員會(huì)更名為馮南垣村民委員會(huì)。
隸屬于師莊鄉(xiāng)管轄至今。