戰(zhàn)國(guó)時(shí)期商鞅輔佐秦孝公（前381—前338）變法時(shí)設(shè)立的，因境內(nèi)的武功山、武功水（今名斜峪河、石頭河）得名。
不過當(dāng)時(shí)縣治沒有設(shè)在今武功縣境，而是在今眉縣。
今武功縣地，秦代和西漢屬斄縣管轄，東漢永平八年（65）在舊斄城復(fù)設(shè)武功縣，此地是其轄區(qū)。
北魏和西魏時(shí)屬于美陽縣。
北周建德三年（574）在今武功縣武功鎮(zhèn)復(fù)設(shè)武功縣，歷隋、唐、五代及北宋600多年，到金大定二十九年（1189）因避金世宗的廟諱改稱武亭縣，元至元元年（1264）復(fù)名武功縣。
1958年12月撤銷縣制，轄地并入興平縣，1961年9月復(fù)設(shè)武功縣，同時(shí)將縣府遷駐普集鎮(zhèn)。
1982年11月析楊陵鎮(zhèn)設(shè)寶雞市楊陵區(qū)。