民國時(shí)期，芋元村歸屬進(jìn)賢鄉(xiāng)第七保（消水）。
新中國成立后，芋元村歸消水鄉(xiāng)管轄。
1953年，歸南官鄉(xiāng)管轄。
1956年，芋元村歸芋元管區(qū)管轄。
1958年人民公社時(shí)期，芋元村與南官村、李王村、高家樓村合為一隊(duì)，稱芋豐大隊(duì)，歸芋元人民公社管轄。
1962年四村分開，各自為隊(duì)，歸屬芋元人民公社管轄。
1968年，歸芋元人民公社革委會管轄。
1984年政社分設(shè)，成立芋元村村民委員會，歸芋元鄉(xiāng)人民政府管轄。
2011年，撤鄉(xiāng)并鎮(zhèn)，歸芋元發(fā)展服務(wù)中心管轄。
2012年歸相公鎮(zhèn)芋元社區(qū)管轄。
2015年，山坡村并入芋元村，同年，撤銷芋元社區(qū)，歸相公鎮(zhèn)人民政府管轄至今。