戰(zhàn)國時秦在今鹽池縣置昫衍縣，是寧夏最早的縣級建置之一，今縣北張家場存遺址，《史記》“秦惠文王游”即此。
秦漢因之，屬北地郡。
北魏統(tǒng)一北方后，置西安州，鹽池全境屬其管轄。
西魏恭帝元年（554）改西安州為鹽州直至西夏。
唐神龍年間(706)在今惠安堡老鹽池村置溫池縣，得名于“溫泉鹽池”，上隸靈州。
宋代先后屬西夏國靈州、鹽州。
明代，鹽池為邊防重地，境內(nèi)先后修筑河?xùn)|墻（二道邊）、深溝高壘（頭道邊），以防備蒙古族入侵。
正統(tǒng)二年(1437)，稱哨馬營，在頭道邊外。
弘冶七年(1494)改筑于頭道邊內(nèi)，稱花馬池營，即今鹽池縣城。
弘治十五年(1502)又置為花馬池守御千戶所，正德元年(1506)又改守御千戶所為寧夏后衛(wèi)，治花馬池城。
清雍正三年（1725），廢寧夏后衛(wèi)，改稱花馬池分州，屬靈州。
1913年，改花馬池分州為鹽池縣，屬寧夏府。
此后，縣名沿用至今，只是上隸關(guān)系有變。
1936年，中國工農(nóng)紅軍西征部隊解放鹽池縣大部，建立鹽池縣蘇維埃政府，后改為抗日民主政權(quán)，屬陜甘寧邊區(qū)三邊分區(qū)。
隨之，寧夏省國民政府將鹽池縣政府遷到惠安堡，直至1949年寧夏全境解放，兩個鹽池縣并存的局面結(jié)束。
1954年屬甘肅省銀川專區(qū)，由河?xùn)|回族自治區(qū)代管。
1955年屬甘肅省吳忠回族自治州。
1958年直屬寧夏回族自治區(qū)。
1972年屬銀南地區(qū)。
1998年屬地級吳忠市。