西漢時(shí)期，今土默特右旗區(qū)域置有咸陽(yáng)縣（治所在今薩拉齊鎮(zhèn)東）、犢和縣（治所約在今土默特右旗西北），隸屬云中郡。
東漢時(shí)期，沿置咸陽(yáng)縣（今察素齊鎮(zhèn)東）；永壽二年至光和元年（156年—178年），今旗境屬鮮卑統(tǒng)轄區(qū)內(nèi)。
三國(guó)、西晉時(shí)期，今土默特右旗境屬拓跋鮮卑統(tǒng)轄區(qū)。
東晉咸康四年（338年），今旗境屬代都城盛樂(lè)政權(quán)統(tǒng)治區(qū)內(nèi)；太元七年（382年），今旗境屬前秦政權(quán)統(tǒng)治區(qū)內(nèi)。
北魏太和二十一年（497年），今旗境屬朔州云中郡，治所盛樂(lè)（今和林格爾縣土城子鄉(xiāng)古城）。
隋開(kāi)皇四年（584年），置油云縣（治所今土默特右旗），隸屬云州（縣不久即廢）；大業(yè)八年（612年）時(shí)，今旗境屬榆林郡。
唐調(diào)露元年（679年），設(shè)云中守捉使，隸屬單于都護(hù)府。
遼、金、元時(shí)期，今旗境均屬云內(nèi)州管轄區(qū)域。
明朝時(shí)期，今旗境屬云內(nèi)縣，隸屬豐州；隆慶五年（1571年），土默特部首領(lǐng)阿拉坦汗受封順義王，在土默川始建城寺（城和寺廟合一）；萬(wàn)歷三年（1575年），建成，賜名�；牵ń衩泪氛伲`覺(jué)寺，后改壽靈寺）。
清崇德元年（1636年）四月十一日，清朝編歸化城土默特部為土默特左、右兩翼旗；雍正十二年（1734年），置薩拉齊協(xié)理筆帖式；乾隆四年（1739年），設(shè)置薩拉齊協(xié)理通判；乾隆六年（1741年），薩拉齊協(xié)理通判和善岱協(xié)理筆帖式，隸屬山西總理旗民蒙古事務(wù)分巡歸綏道管轄；乾隆二十五年（1760年），裁善岱協(xié)理通判并入薩拉齊，設(shè)薩拉齊理事通判廳；乾隆二十八年（1763年），停襲土默特右翼旗都統(tǒng)，由新設(shè)的土默特副都統(tǒng)管轄土默特右翼旗事務(wù)；光緒十年（1884年），將薩拉齊理事通判改為撫民理事同知廳；光緒二十九年（1903年），析薩拉齊廳后套地置五原廳。
民國(guó)元年（1912年）5月，改薩拉齊撫民理事同知廳為薩拉齊縣（縣署知事），隸屬歸綏觀察使；民國(guó)三年（1914年），薩拉齊縣屬綏遠(yuǎn)特別區(qū)都統(tǒng)所屬綏遠(yuǎn)道管轄。
同時(shí)，土默特旗改設(shè)總管；民國(guó)九年（1920年），析薩拉齊廳轄部分地區(qū)設(shè)置固陽(yáng)設(shè)治局；民國(guó)十八年（1929年）1月，綏遠(yuǎn)省政府成立，薩拉齊縣和土默特旗隸屬綏遠(yuǎn)省政府管轄；民國(guó)二十六年（1937年）12月，偽薩拉齊縣公署和土默特旗均隸屬偽蒙古聯(lián)盟自治政府所屬巴彥塔拉盟管轄；民國(guó)二十八年（1939），屬偽蒙疆聯(lián)合自治政府巴彥塔拉盟管轄，建立中國(guó)共產(chǎn)黨薩拉齊縣地下工作委員會(huì)；民國(guó)二十九年（1940），成立薩拉齊縣抗日民主政府（屬大青山抗日游擊根據(jù)地）；民國(guó)三十四年（1945年）8月22日，薩拉齊縣和土默特旗分別恢復(fù)縣政府和總管公署，隸屬綏遠(yuǎn)省政府，薩拉齊縣隸屬綏遠(yuǎn)省第一督察專員公署；民國(guó)三十八年（1949年），薩拉齊縣和土默特旗均隨綏遠(yuǎn)“9·19”和平起義而解放。
同年12月，成立薩拉齊縣武裝人民委員會(huì)。
1950年3月1日，土默特旗人民委員會(huì)成立，旗人民委員會(huì)辦公地在歸綏縣（今呼和浩特）議事廳巷原土默特別務(wù)衙署。
同年3月21日，薩拉齊縣人民委員會(huì)成立，人民委員會(huì)駐薩拉齊城內(nèi)原縣衙門(mén)，行政沿用舊制，仍實(shí)行蒙漢分治。
同年，綏中地委駐薩拉齊，改稱薩縣專員公署。
1952年，撤銷薩縣專員公署，并入平地泉專員公署，后平地泉專員公署改稱集寧專員公署，薩拉齊縣、土默特旗均屬之。
同年6月，原屬固陽(yáng)縣的耳沁堯、公山灣劃入薩拉齊縣。
1954年，綏蒙合并，撤銷綏遠(yuǎn)省，并入內(nèi)蒙古自治區(qū)。
1955年，將準(zhǔn)格爾旗黃河北岸的1區(qū)、14區(qū)（今屬將軍堯鎮(zhèn)）劃歸薩拉齊縣。
1958年，撤銷薩拉齊縣，將薩拉齊縣原轄大部并入土默特旗，將原薩拉齊縣所屬鄂爾圪遜鎮(zhèn)、楊圪塄鎮(zhèn)、公積板鄉(xiāng)、大巴拉蓋鄉(xiāng)劃歸包頭市郊區(qū)，將后山窯子鄉(xiāng)劃歸固陽(yáng)縣。
土默特旗人民委員會(huì)從呼和浩特遷駐薩拉齊，土默川地區(qū)自清代形成的“旗縣并存、蒙漢分治”的行政格局自此結(jié)束。
1969年1月，土默特左旗、土默特右旗分家。
1971年，土默特右旗改屬包頭市領(lǐng)導(dǎo)。