秦朝時(shí)期，今太仆寺旗地區(qū)寶昌鎮(zhèn)以南屬上谷郡北境地，寶昌鎮(zhèn)以北為匈奴轄區(qū)。
西漢時(shí)期，南部屬上谷郡管轄，北部為匈奴地。
東漢時(shí)期，屬鮮卑統(tǒng)轄區(qū)域。
三國(guó)和西晉時(shí)期，屬鮮卑拓跋政權(quán)統(tǒng)治區(qū)。
東晉太和元年（366年），屬代政權(quán)統(tǒng)治區(qū)。
前秦建元十八年（382年），屬前秦（氐族）政權(quán)統(tǒng)轄區(qū)。
北魏登國(guó)十年（395年），屬魏（鮮卑拓跋氏）政權(quán)統(tǒng)治地。
太和二十一年（497年），今旗境屬御夷鎮(zhèn)鎮(zhèn)戍區(qū)。
東魏武定四年（546年），在柔然與東魏“拉鋸地區(qū)”。
北齊武平三年（572年），在北齊政權(quán)與突厥之間爭(zhēng)奪地區(qū)范圍。
隋大業(yè)八年（612年），今旗境屬涿郡轄地。
唐總章二年（669年），今旗境屬單于都護(hù)府所轄桑乾都督府的管轄區(qū)。
開元二十九年（741年），今旗境歸饒樂都督府轄區(qū)。
元和十五年（820年），今旗境屬幽州盧龍節(jié)度使統(tǒng)轄地。
五代十國(guó)時(shí)期，今旗境基本上屬契丹遼統(tǒng)轄地區(qū)。
遼朝時(shí)期，今旗境為西京道奉圣州管轄地。
金朝時(shí)期，今旗境歸西京路桓州管轄，在今旗境南部設(shè)西京鹽司。
蒙古中統(tǒng)三年（1262年），在今旗境南部置鹽使司。
元延佑六年（1319年），改置為寶昌州（今旗境南部），隸屬中書省興和路。
明永樂十一年至明正統(tǒng)十四年（1413年—1449年），今旗境屬京師轄地。
萬歷年間，今旗境為察哈爾部游牧地。
清康熙十六年（1677年），將駐牧于此的察哈爾部眾編屬太仆寺左翼牧群，設(shè)總管。
乾隆二十六年（1761年），隸察哈爾都統(tǒng)（駐張家口）。
民國(guó)元年（1912年），沿襲清制。
民國(guó)三年（1914年），今旗境劃歸察哈爾特別區(qū)管轄。
民國(guó)七年（1918年），析太仆寺左翼牧群部分轄區(qū)及察哈爾正白旗東境，設(shè)置寶昌招墾設(shè)治局。
民國(guó)十四年（1925年），改寶昌招墾設(shè)治局為寶昌縣。
民國(guó)十七年（1928年），太仆寺左翼牧群、寶昌縣改隸察哈爾省。
民國(guó)二十三年（1934年），將太仆寺左翼牧群，劃屬新設(shè)置的察哈爾盟，仍隸察哈爾省。
民國(guó)二十五年（1936年）初，偽察哈爾盟公署將寶昌縣與沽源縣合并成立寶源縣。
同年，將太仆寺左翼牧場(chǎng)改稱太仆寺左旗，駐地由五旗敖包遷至炮臺(tái)營(yíng)子。
寶源縣隸屬偽蒙古聯(lián)合自治政府。
民國(guó)二十六年（1937年），“七七”事變后，察哈爾省淪陷。
這一地區(qū)劃屬偽蒙古聯(lián)盟自治政府（1939年改蒙疆聯(lián)合自治政府）。
民國(guó)三十四年（1945年）8月，日本投降，復(fù)歸察哈爾省管轄。
民國(guó)三十五年（1946年）春，內(nèi)蒙古自治運(yùn)動(dòng)聯(lián)合會(huì)太仆寺左旗支會(huì)成立。
民國(guó)三十六年（1947年）5月，太仆寺左旗隨察哈爾盟劃歸內(nèi)蒙古自治政府領(lǐng)導(dǎo)，旗政府駐炮臺(tái)營(yíng)子（今貢寶拉格蘇木）。
1950年8月，將察哈爾省的寶源縣劃分為寶昌縣、沽源縣，并將寶昌縣劃歸內(nèi)蒙古自治區(qū)察哈爾盟管轄，寶昌縣人民政府駐寶昌鎮(zhèn)。
同年，察哈爾盟人民政府由明安旗女子部遷駐寶昌縣城關(guān)（今寶昌鎮(zhèn)）。
1951年4月24日，經(jīng)內(nèi)蒙古自治區(qū)人民政府批準(zhǔn)，將寶昌縣五區(qū)所轄波羅素廟、戴家營(yíng)、三蓋淖、腦包洼、閻油房等5個(gè)行政村、14個(gè)自然村劃歸察哈爾省察北專署。
1956年9月11日，經(jīng)國(guó)務(wù)院批準(zhǔn)，撤銷寶昌縣建制，其區(qū)域（除星耀區(qū)劃入正鑲白旗、哈畢日嘎區(qū)劃入正藍(lán)旗外）大部劃歸太仆寺左旗；同時(shí)將太仆寺左旗更名太仆寺旗，旗人民委員會(huì)由炮臺(tái)營(yíng)子遷駐寶昌鎮(zhèn)，仍隸屬察哈爾盟。
1958年9月26日，經(jīng)國(guó)務(wù)院批準(zhǔn)撤銷察哈爾盟后，將太仆寺旗劃歸錫林郭勒盟管轄。