清順治元年（1644年），清軍以盛京為留都，設(shè)留守盛京昂邦章京、副都統(tǒng)等及八旗軍駐防治之。
順治九年（1652年），清王朝命梅勒章京沙爾虎達(dá)、甲喇章京海塔、尼噶禮統(tǒng)官兵駐防寧古塔。
順治十年（1653年），拆分盛京昂邦章京轄區(qū)設(shè)寧古塔昂邦章京。
康熙元年（1662年），寧古塔昂邦章京改名為鎮(zhèn)守寧古塔等處將軍。
康熙十五年（1676年），寧古塔將軍駐地移駐吉林烏拉。
康熙二十二年（1683年），清廷拆分鎮(zhèn)守寧古塔等處將軍轄區(qū)置鎮(zhèn)守黑龍江等處將軍轄區(qū)，寧古塔副都統(tǒng)薩布素升任鎮(zhèn)守黑龍江等處將軍。
光緒二十七年（1901年），中東鐵路西部線建成后，建立火車站，因從俄國(guó)進(jìn)入中國(guó)東北地區(qū)（當(dāng)時(shí)慣稱“滿洲”）的首站，故名“滿洲里站”，俄語(yǔ)為“滿洲里亞”，音譯成漢語(yǔ)變成了“滿洲里”。
光緒二十九年（1903年），設(shè)滿洲里鐵路交涉分局。
宣統(tǒng)元年（1909年）10月，黑龍江行省于滿洲里正式設(shè)置臚濱府。
民國(guó)九年（1920年）2月，復(fù)設(shè)臚濱縣。
民國(guó)十二年（1923年）4月，將滿洲里鐵路交涉分局改為滿洲里市政分局，隸屬東省特別區(qū)管轄。
民國(guó)二十二年（1933年）1月，偽滿取消臚濱縣，設(shè)滿洲里辦事處。
民國(guó)二十五年（1936年）1月，改為滿洲里市政管理處。
民國(guó)二十九年（1940年），改為滿洲里街。
民國(guó)三十年（1941年）1月，改為滿洲里市，隸屬興安北省管轄。
民國(guó)三十二年（1943年）10月，改隸興安總省管轄。
民國(guó)三十四年（1945年），抗日戰(zhàn)爭(zhēng)勝利后，隸屬呼倫貝爾地方自治政府。
民國(guó)三十八年（1949年）4月，隸屬內(nèi)蒙古自治區(qū)呼納盟。
1953年4月，改由內(nèi)蒙古自治區(qū)直轄。
1954年5月，改隸呼倫貝爾盟。
1969年7月，與呼倫貝爾盟一起劃歸黑龍江省管轄，仍隸屬呼倫貝爾盟。
1979年7月，劃歸內(nèi)蒙古自治區(qū)管轄，仍隸屬呼倫貝爾盟。
2001年10月10日，撤銷呼倫貝爾盟設(shè)立地級(jí)呼倫貝爾市，由呼倫貝爾市代管滿洲里市。
2012年，被列為首批國(guó)家經(jīng)濟(jì)開(kāi)發(fā)開(kāi)放試驗(yàn)區(qū)，隸屬內(nèi)蒙古自治區(qū)人民政府管轄。
2013年，滿洲里市扎賚諾爾礦區(qū)以呼倫貝爾市扎賚諾爾區(qū)備案，由滿洲里市代管。
2023年3月，內(nèi)蒙古自治區(qū)第十一屆黨委常委會(huì)會(huì)議決定，扎賚諾爾區(qū)由呼倫貝爾市直接管理。