額爾古納是蒙古語“捧呈、遞獻”之意，后又逐漸把它修飾為“奉獻”之意。
隋唐時期，室韋就成為呼倫貝爾部分部落駐地，唐代曾設(shè)室韋都督府進行管轄。
南宋開禧二年（1206年），為成吉思汗的二弟合撒兒的領(lǐng)地，黑山頭古城就是他們居住的主要城池。
明成祖永樂元年至宣德八年（1403～1433年），明朝先后設(shè)置堅河衛(wèi)（今額爾古納市、根河市），隸屬奴兒干都司。
[25]清雍正五年（1727年），清王朝在額爾古納河流域設(shè)置了“卡倫”，管理邊務(wù)和內(nèi)政一直延續(xù)到民國時期。
民國九年（1920年），建室韋縣和奇乾設(shè)治局；民國十年（1921年），設(shè)奇乾設(shè)治局為奇乾縣；民國二十二年（1933年），偽滿洲國改室韋縣和奇乾縣為額爾古納左翼旗和額爾古納右翼旗；民國三十七年（1948年），合為額爾古納旗，人民政府設(shè)在三河鎮(zhèn)。
1966年1月，經(jīng)國務(wù)院批準，撤消額爾古納旗，分設(shè)左右兩旗，并將1961年劃給陳巴爾虎旗的三河、上庫力、拉布達林劃回額爾古納右旗。
1975年，旗政府遷至拉布大林。
1994年，國務(wù)院同意撤銷額爾古納右旗，設(shè)立額爾古納市（縣級），以原額爾古納右旗的行政區(qū)域為額爾古納市的行政區(qū)域。