修水縣置縣歷史悠久。
商代，屬艾侯國(guó)，艾立都于今渣津鎮(zhèn)龍崗坪。
春秋戰(zhàn)國(guó)，為艾邑域地，先后屬吳、越、楚。
秦，屬九江郡。
西漢高帝六年（前201），設(shè)艾縣，屬豫章郡。
新莽時(shí)，改治瀚，東漢光武時(shí)，復(fù)名艾縣；中平時(shí)，設(shè)西平縣，治今全豐鎮(zhèn)。
建安四年（199），設(shè)西安縣，治今寧州鎮(zhèn)黃田里，艾、西平、西安3縣并存。
西晉太康元年（280），西安縣改為豫章縣。
東晉時(shí)艾、西平、西安3縣同屬江州。
南朝陳永定三年（559），西安縣境設(shè)豫寧郡，轄艾縣、西平縣。
隋開(kāi)皇九年（589），廢艾縣、西平縣、西安縣，并入建昌縣，治今永修縣艾城，屬洪都總管府。
唐武德五年（622），復(fù)設(shè)西平縣；武后長(zhǎng)安四年（704），設(shè)武寧縣，轄今武寧、修水、銅鼓3縣，治武寧縣甘羅村；貞元三年（787），西平縣廢，十六年（800），分武寧縣西高、崇、奉、武、仁、西、安、泰8鄉(xiāng)設(shè)分寧縣，轄今修水、銅鼓2縣，治常洲亥市（今義寧鎮(zhèn)），屬洪州。
北宋初，分寧縣更名寧縣。
南宋建炎四年（1130），升為義寧軍；隆興元年（1163），復(fù)為分寧縣，屬隆興府。
元大德五年（1301），升分寧縣為寧州，屬龍興路。
明洪武初年（1368），寧州改為寧縣，弘治十六年（1503），復(fù)寧州，屬南昌府。
清沿明制，嘉慶六年（1801），改為義寧州；宣統(tǒng)二年（1910），析上崇鄉(xiāng)、上武鄉(xiāng)設(shè)立銅鼓撫民廳，由義寧州管轄。
1912年，義寧州改名為義寧縣。
1913年，廢銅鼓廳設(shè)縣，從義寧縣析出。
1914年3月，為避廣西義寧縣同名改稱(chēng)修水縣，隸屬省轄，同年，改屬潯陽(yáng)道。
1926年，道廢，直屬省轄。
1932年，屬第二行政區(qū)，專(zhuān)署駐武寧；1942年，屬第一行政區(qū)，專(zhuān)署駐武寧；1942年，屬第二行政區(qū)，專(zhuān)署駐宜春。
1928-1934年，先后于湘鄂贛邊區(qū)設(shè)立蘇維埃政權(quán)修銅宜奉縣、修武崇通縣、修通縣、修銅縣、平修銅縣、修武通縣，屬湘鄂贛省蘇維埃政府管轄。
1949年7月，成立修水縣人民政府，屬袁州專(zhuān)區(qū)；9月，劃歸九江專(zhuān)區(qū)。
1968年屬九江地區(qū)，1983年7月屬九江市管轄至今。