二甲鎮(zhèn)的形成可追溯至清代初期，當(dāng)時(shí)眾多開(kāi)荒者來(lái)到通州東部沿海燒鹽墾荒，逐漸在現(xiàn)二甲鎮(zhèn)附近東南一帶形成以交易土布、糧油為主的集市——“南安鎮(zhèn)”。
由于交通不便，后來(lái)集市慢慢轉(zhuǎn)移至為防止海潮內(nèi)灌的西壩（二甲壩），久而久之便形成了新的集鎮(zhèn)。
1952年與海洪、六甲兩鄉(xiāng)合建二甲鎮(zhèn)。
1958年二甲鎮(zhèn)和桂貞鄉(xiāng)合并成聯(lián)盟人民公社。
1961年鎮(zhèn)社分治，建二甲鎮(zhèn)。
2000年袁灶、余西、余北三鄉(xiāng)并入二甲鎮(zhèn)。
名稱(chēng)未變，沿用至今。