“建鄴”之名源于南京古地名。
漢獻(xiàn)帝建安十七年（212年），東吳孫權(quán)為建帝王大業(yè)，改秣陵縣（今南京）為建業(yè)縣。
晉太康元年（280年），武帝司馬炎改建業(yè)為秣陵，并將其西南部劃分為臨江縣。
太康二年（281年），改臨江縣為江寧縣，設(shè)秣陵縣秦淮河以北為建業(yè)縣。
翌年，改建業(yè)為建鄴，“建鄴”之名由此開始。
鄴者，鄴城，河南古地名，系司馬氏發(fā)跡地，以建鄴為名，寓不忘故土之意。
隋、唐、宋、元時，區(qū)境先后隸屬江寧縣、歸化縣、金陵縣、白下縣。
明、清兩朝分屬上元、江寧兩縣。
太平天國時代，境內(nèi)一度成為軍政指揮中樞要地。
中華民國元年（1912年），以秦淮河為界，河?xùn)|、河西分屬江寧市和江東鄉(xiāng)。
民國二十二年（1933年），南京開始設(shè)置區(qū)級建置，區(qū)境為第五區(qū)。
翌年，秦淮河以西劃歸上新河區(qū)。
1949年4月，境地解放。
1950年6月南京重新劃區(qū)，原第五區(qū)改稱第四區(qū)，原上新河區(qū)改稱第十一區(qū)。
1955年8月定名為建鄴區(qū)，1967年3月改為紅衛(wèi)區(qū)，1973年12月恢復(fù)現(xiàn)稱。
1978年，撤銷街道革命委員會，恢復(fù)街道辦事處。
1984年，江東公社鳳凰二隊、三隊、躍進(jìn)生產(chǎn)隊及上新河鎮(zhèn)的鳳凰西街、茶亭居委會所屬地段劃歸建鄴區(qū)。
后經(jīng)多次調(diào)整，至1995年4月，建鄴區(qū)下轄朝天宮、止馬營、安品街、莫愁湖、南湖、興隆6個街道。
2002年10月，南京市進(jìn)行新一輪區(qū)劃調(diào)整，劃出朝天宮、止馬營2個街道以及莫愁湖街道的部分地區(qū)，劃入江心洲鎮(zhèn)以及沙洲、雙閘街道的部分地區(qū)，形成南湖、濱湖、南苑、興隆、沙洲、雙閘、江心洲7個街道。
2012年6月，南湖、濱湖街道合并為莫愁湖街道，形成莫愁湖、興隆、南苑、沙洲、雙閘、江心洲6個街道，至2022年3月未變。