清朝，屬益陽縣二里。
民國二十七年（1938年），屬益陽縣武潭鄉(xiāng)。
民國三十五年（1946年）至1950年，屬益陽縣九崗鄉(xiāng)。
1951年9月，設(shè)立馬跡塘鎮(zhèn)，現(xiàn)馬跡塘鎮(zhèn)分屬桃江縣馬跡塘鎮(zhèn)及毛家村鄉(xiāng)、九崗山等鄉(xiāng)，屬桃江縣第七區(qū)。
1953年，屬桃江縣馬跡塘區(qū)。
1956年5月，分屬馬跡塘鎮(zhèn)及馬跡塘鄉(xiāng)。
1958年，實行人民公社化，馬跡塘鄉(xiāng)撤銷。
1959年1月，成立馬跡塘人民公社，有18個大隊。
1984年，撤銷馬跡塘公社，建立馬跡塘鄉(xiāng)。
1986年，馬跡塘鄉(xiāng)并入馬跡塘鎮(zhèn)。
1995年，龍溪鄉(xiāng)、毛家村鄉(xiāng)、筑金壩鄉(xiāng)并入馬跡塘鎮(zhèn)。
2005年，泗里河鄉(xiāng)并入馬跡塘鎮(zhèn)。