石門(mén)縣名由“石門(mén)郡”而來(lái)，石門(mén)郡由“天門(mén)郡”而來(lái)，天門(mén)郡因“天門(mén)山”而來(lái)。
石門(mén)之“門(mén)”（原來(lái)就）分析認(rèn)為是張家界的天門(mén)山。
夏、商、周屬荊楚之域，春秋戰(zhàn)國(guó)時(shí)期屬楚，秦始皇元年（前221）為慈姑縣地。
漢為零陽(yáng)縣地。
三國(guó)吳永安六年（263）析置天門(mén)郡。
晉太康四年（283）置澧陽(yáng)縣，治所即今縣城，并為天門(mén)郡治。
宋、齊因之。
陳改郡、縣均為石門(mén)。
隋開(kāi)皇九年（589）廢石門(mén)郡，置石門(mén)縣，屬澧陽(yáng)郡。
唐屬澧州。
五代因之。
宋屬澧州澧陽(yáng)郡。
元屬澧州路。
明屬岳州府澧州。
清屬澧州。
民國(guó)屬第四行政督察區(qū)，1949年屬常澧專(zhuān)區(qū)。
1949年8月，建立縣人民政府，劃全縣為8區(qū)（五、六、七、八區(qū)于次年2月正式建立）。
1950年屬常德專(zhuān)區(qū)。
1951年元月，以原楚江鎮(zhèn)置城關(guān)鎮(zhèn)，為縣轄鎮(zhèn)。
4月，縣境置14區(qū)。
10月，慈利縣東岳八保劃屬石門(mén)黃礦區(qū)，至次年2月，全縣有14個(gè)行政區(qū)，1個(gè)礦區(qū)，1個(gè)縣轄鎮(zhèn)，5個(gè)區(qū)轄鎮(zhèn)，281個(gè)鄉(xiāng)。
1955年4月，全縣共14區(qū)、1鎮(zhèn)、281鄉(xiāng)。
1955年5月，將原二百八十一個(gè)小鄉(xiāng)并為三十八大鄉(xiāng)，并在此基礎(chǔ)上于同年6月撤銷(xiāo)區(qū)級(jí)建制。
1957年5月，成立了蒙泉、皂市、維新場(chǎng)、太平、磨市、泥市六個(gè)辦事處，為縣的派出機(jī)構(gòu)。
1958年9月，撤銷(xiāo)鄉(xiāng)鎮(zhèn)，成立28個(gè)人民公社。
1961年4月，公社體制進(jìn)行調(diào)整，規(guī)模改小，設(shè)38個(gè)公社，同年9月3日恢復(fù)區(qū)的建制，成立蒙泉、城關(guān)、皂市、維新、太平、磨市、蘇市、泥市8個(gè)區(qū)公所。
10月28日新成立新街、白洋、望洋、楊坪、川山5個(gè)公社，由38增加到43個(gè)公社，并制了印監(jiān)，12月28日撤銷(xiāo)城關(guān)區(qū)公所。
1964年初撤銷(xiāo)新街公社其轄地并入二都公社內(nèi)，改城市公社為城關(guān)鎮(zhèn)人民委員會(huì)(1960年5月城關(guān)鎮(zhèn)人民委員會(huì)改稱城市公社)。
經(jīng)過(guò)多次調(diào)整，1964年初全縣共有7個(gè)區(qū)，43個(gè)公社，3個(gè)居委會(huì)，763個(gè)生產(chǎn)大隊(duì)(簡(jiǎn)稱大隊(duì))。
1980年屬常德地區(qū)行政公署。
1982年全縣進(jìn)行地名普查，對(duì)政區(qū)地名進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化處理，將6個(gè)區(qū)、28個(gè)公社、629個(gè)大隊(duì)更改名稱，原鎮(zhèn)屬居民委員會(huì)名稱不變，全縣區(qū)劃為7區(qū)、42個(gè)公社（下設(shè)752個(gè)大隊(duì)）、1鎮(zhèn)（下設(shè)3個(gè)居委會(huì)）。
1984年4月，政社分設(shè)，建立鄉(xiāng)政府，原公社改鄉(xiāng)。
同年7月發(fā)展小城鎮(zhèn)，將蒙泉鄉(xiāng)改為夏家巷鎮(zhèn)，官渡橋鄉(xiāng)改為官渡橋鎮(zhèn)，易家渡鄉(xiāng)改為易家渡鎮(zhèn)，新關(guān)鄉(xiāng)改為新關(guān)鎮(zhèn)，皂角市鄉(xiāng)改為皂角市鎮(zhèn)，維新場(chǎng)鄉(xiāng)改為維新場(chǎng)鎮(zhèn)，泥沙鄉(xiāng)改為泥沙鎮(zhèn)，由鎮(zhèn)管村。
年底，全縣區(qū)劃為7區(qū)、8鎮(zhèn)、35鄉(xiāng)、762村委會(huì)、8389個(gè)村民小組、11個(gè)居委會(huì)、57個(gè)居民小組。
1988年屬常德市。
1995年，撤銷(xiāo)7個(gè)區(qū)公所、將原43個(gè)鄉(xiāng)鎮(zhèn)并成19個(gè)鄉(xiāng)鎮(zhèn)。
原有鄉(xiāng)鎮(zhèn)所轄范圍不打亂，保留5個(gè)鄉(xiāng)鎮(zhèn)行政區(qū)劃不變，即城關(guān)鎮(zhèn)（更名為楚江鎮(zhèn)）、易家渡鎮(zhèn)、新關(guān)鎮(zhèn)、南北鎮(zhèn)、二都鄉(xiāng)。
新建蒙泉鎮(zhèn)、夾山鎮(zhèn)、皂市鎮(zhèn)、維新鎮(zhèn)、磨市鎮(zhèn)、壺瓶山鎮(zhèn)、白云鄉(xiāng)、三圣鄉(xiāng)、子良鄉(xiāng)、太平街鄉(xiāng)、雁池鄉(xiāng)、所街鄉(xiāng)、羅坪鄉(xiāng)14個(gè)鄉(xiāng)鎮(zhèn)。
2004年至2008年對(duì)全縣村（居）行政區(qū)劃進(jìn)行大幅度調(diào)整。
調(diào)整前共有790（其中園藝場(chǎng)、林場(chǎng)等11個(gè)）個(gè)村（皂市水庫(kù)移民全遷村21個(gè)不在內(nèi)）、42個(gè)居委會(huì)，調(diào)整后為290（包括剩頭）個(gè)村、42個(gè)居委會(huì)。
2015年至2016年經(jīng)過(guò)撤鄉(xiāng)建鎮(zhèn)、撤鎮(zhèn)建街道的調(diào)整，石門(mén)縣下轄楚江、寶峰、永興、二都4街道，蒙泉、夾山鎮(zhèn)、易家渡、新關(guān)、皂市、維新、太平、磨市、壺瓶山、南北鎮(zhèn)、白云、新鋪、子良13鎮(zhèn)，三圣、所街、雁池、羅坪4鄉(xiāng)。
東山峰管理區(qū)（東山峰農(nóng)場(chǎng)）、夾山國(guó)家森林公園（夾山國(guó)有林場(chǎng)）、大同山國(guó)有林場(chǎng)、白云山國(guó)有林場(chǎng)（白云山市級(jí)森林公園）、洛浦國(guó)有林場(chǎng)（洛浦省級(jí)森林公園）、秀坪園藝場(chǎng)、觀國(guó)山國(guó)有林場(chǎng)、剩頭國(guó)有林場(chǎng)8個(gè)區(qū)、場(chǎng)、園。
84個(gè)社區(qū)，247個(gè)村（包括6個(gè)片、1個(gè)園藝場(chǎng)）。