清朝康熙年間屬崖屋店村，清同治年間屬北鄉(xiāng)清水保。
民國11年屬第四區(qū)，民國36年屬青曲鄉(xiāng)鞍埡保。
1948年為鞍埡村。
1951年土改，為鞍埡鄉(xiāng)。
1955年撤鄉(xiāng)建社，為永久農(nóng)業(yè)合作社，屬黌門區(qū)管轄。
1956年黌門區(qū)與大柳區(qū)合并為大堰區(qū)，永久農(nóng)業(yè)合作社屬大堰區(qū)管轄。
1958年人民公社化，為永久大隊(duì)，屬火箭人民公社管轄。
1961年撤社建區(qū)，永久大隊(duì)屬大堰區(qū)管轄。
1975年撤區(qū)并社，永久大隊(duì)屬青曲公社管轄。
1981年，更名為魏家溝大隊(duì)，屬青曲公社管轄。
1984年撤社并區(qū)，大隊(duì)改村，更名為魏家溝村，屬大堰區(qū)果園鄉(xiāng)管轄。
1987年撤區(qū)建鄉(xiāng)（鎮(zhèn)），魏家溝村屬青曲鎮(zhèn)管轄至今。