此地名自明朝嘉靖年間，即因御史黃襄《過石門》詩而得名。
1950年廢除保甲制，屬高坪區(qū)管轄，命名為石門村；1958年人民公社化時，屬高龍公社管轄，更名為荷花大隊；1961年恢復區(qū)建制，屬高坪區(qū)管轄，仍名為荷花大隊；1975年撤區(qū)并社，屬高坪公社管轄，仍名為荷花大隊；1984年撤社建區(qū)鄉(xiāng)，屬高坪區(qū)管轄，將荷花大隊更名為石門村；1996年撤區(qū)建鄉(xiāng)，屬高坪鄉(xiāng)管轄，仍名為石門村；1997年調整建制，屬高坪鎮(zhèn)管轄，名為石門村村民委員會至今。