曾名“小石頭河子”、“石頭河子”。
清末民初，隸屬樺川縣管轄。
1941年稱小石頭河子村。
1946年6月劃歸新設(shè)置的樺南縣管轄，設(shè)置小石頭河子鄉(xiāng)（特別鄉(xiāng)）。
1947年4月廢止鄉(xiāng)制，區(qū)下設(shè)村，劃歸駝腰子區(qū)管轄。
1950年7月改隸第六區(qū)。
1956年樺南縣并入樺川縣后，設(shè)石頭河子鄉(xiāng)。
1958年9月，改稱石頭河人民公社。
1964年復(fù)歸樺南縣管轄。
1984年3月，改設(shè)石頭河鎮(zhèn)。
1990年改稱石頭河子鎮(zhèn)，名稱沿用至今。