清光緒二十七年（1901），有尹乃廷、單玉奇5戶墾民來此合買官地九“井”（每井為36方）墾殖立屯，取名“五福堂”。
翌年，因“五�！迸c“無�！敝C音，故改名“九井屯”。
中華民國時期，隸屬訥河縣第二區(qū)管轄。
東北淪陷后，初隸訥南鎮(zhèn)區(qū)，1938年1月改設九井村。
1945年“九三”抗日戰(zhàn)爭勝利后，隸屬訥南區(qū)，后改隸第六區(qū)管轄。
1949年9月，從第六區(qū)劃出增設第十三區(qū)，1955年5月改為九井區(qū)。
1956年4月，撤區(qū)劃鄉(xiāng)，分設九井、謙益、育民3個鄉(xiāng)。
1958年9月，將3個鄉(xiāng)合并成立運河人民公社，翌年3月改稱九井公社。
1984年4月，改為九井鄉(xiāng)。
1996年9月，改為九井鎮(zhèn)。
名稱沿用至今。