方正縣于1909年3月建縣。
遠(yuǎn)在夏、商、周時(shí)期，方正縣屬肅慎之地。
據(jù)最新古遺址發(fā)現(xiàn)，方正縣最早人類活動(dòng)遺跡在距今約4000年的新石器時(shí)代。
戰(zhàn)國及隋唐時(shí)期，方正縣屬夫余、勿吉、繼屬靺鞨。
唐、宋、遼及金代，方正屬勃海國、女真徙單部及上京路會(huì)寧俯曲江縣。
元代屬開元路呼爾哈萬戶府，后屬女真水達(dá)達(dá)路。
明清時(shí)期，方正縣屬努爾干都司、寧古塔昂幫章京，三姓副部統(tǒng)。
1907年，東北設(shè)省，建大通縣，下轄方正泡地區(qū)的十旗公田局，大通縣屬吉林省依蘭道。
1908年以松花江為界劃分吉林與黑龍江兩省疆域。
1909年3月，大通縣移駐松花江南岸方正泡地區(qū)，縣以泡名，設(shè)方正縣，建縣城于方正泡南十旗公田中。
方正縣轄于吉林省。
1929年廢道制，歸吉林省直接管轄。
1934年12月，方正縣劃屬三江省。
1946年2月成立方正縣民主政府，1947年6月，方正劃屬松江省，轄于哈東專署，1954年8月，改隸于黑龍江省，始屬牡丹江專區(qū)，1979年9月改屬松花江地區(qū)。
1991年4月改為哈爾濱市管轄至今。