村境元朝時屬四川行省六廣等處蠻夷長官司，明朝時屬水西管轄的于的則溪底飛（六廣）地，明末清初屬敷勇衛(wèi)濯靈守御千戶所。
清康熙二十六年(1687年)，屬修文縣至孝里二甲。
民國4年，屬修文縣中北區(qū)第一保。
民國21年，屬修文縣第二區(qū)崇恩鄉(xiāng)。
民國24年，屬崇恩聯(lián)保。
民國27年，屬修文縣第一區(qū)崇恩聯(lián)保崇恩寺保。
民國31年推行新縣制，撤銷區(qū)和聯(lián)保復(fù)置鄉(xiāng)，屬小箐鄉(xiāng)。
1949年，解放后屬石安區(qū)小箐鄉(xiāng)。
1952年，增設(shè)小箐為第四區(qū)，村境屬修文縣第四區(qū)崇恩鄉(xiāng)。
1958年，大辦人民公社，村境建生產(chǎn)隊，屬五星（小箐）人民公社崇恩管理區(qū)。
1961年，原管理區(qū)改為人民公社，生產(chǎn)隊改為生產(chǎn)大隊，生產(chǎn)小隊改為生產(chǎn)隊，隸屬小箐區(qū)。
1962年，撤銷小箐區(qū)，崇恩公社劃屬城關(guān)區(qū)。
1963年，恢復(fù)小箐區(qū)，復(fù)屬小箐區(qū)崇恩公社管轄。
1984年，政社分設(shè)，原公社改為鄉(xiāng)，生產(chǎn)大隊改為村民委員會，生產(chǎn)隊改為村民小組。
1992年撤區(qū)并鄉(xiāng)后，劃屬新建的小箐鄉(xiāng)。
2017年依據(jù)黔府函〔2017〕144號，撤銷小箐鄉(xiāng)設(shè)立小箐鎮(zhèn)，崇恩村仍歸屬小箐鎮(zhèn)管轄，沿用至今。