2010年得名沿用至今。
1958年建高屯大隊(duì)，1985年更名為高屯行政村。
以小高屯和高王屯中位置而得名。
民國32年（1943年），石阡實(shí)行新縣制，廢除之前的的區(qū)級(jí)組織，設(shè)置鄉(xiāng)鎮(zhèn)保甲。
設(shè)立樂回乙級(jí)鄉(xiāng)。
1950年2月行政區(qū)劃調(diào)整，設(shè)立三個(gè)區(qū)18鄉(xiāng)鎮(zhèn)。
隸屬三區(qū)。
1950年7月，改置3區(qū)為6區(qū)1鎮(zhèn)。
隸屬六區(qū)。
1953年，設(shè)立本莊區(qū)高王鄉(xiāng)。
1958年，高王鄉(xiāng)改稱高王公社；高屯村改稱高屯大隊(duì)。
1984年，高王公社改稱高王鄉(xiāng)；高屯大隊(duì)改稱高屯村。
期間隸屬本莊區(qū)高王鄉(xiāng)（公社）1992年“撤并建”，由本莊區(qū)的高王鄉(xiāng)、河壩場(chǎng)鄉(xiāng)、永和鄉(xiāng)合并，設(shè)置河壩場(chǎng)鄉(xiāng)。
2003年全縣推進(jìn)“撤小村并大村”工作，高屯村并入高王村。
2010年，經(jīng)石阡縣人民政府石府復(fù)[2010]76號(hào)批準(zhǔn)，全鄉(xiāng)再次對(duì)行政村進(jìn)行調(diào)整，恢復(fù)高屯村。
1991年至2014年隸屬河壩場(chǎng)鄉(xiāng)。