民國時期，實行新憲制，改區(qū)、聯(lián)保為鄉(xiāng)（鎮(zhèn)），隸屬丁里鄉(xiāng)；1958年，建立納院生產大隊，成立納院生產大隊管理委員會，隸屬雙江區(qū)壩賴公社；1984年，冊亨縣行政區(qū)劃變動，納院生產大隊管理委員會更名為納院村民委員會，隸屬壩賴鄉(xiāng)；1991年，實行建鎮(zhèn)并鄉(xiāng)撤區(qū)，壩賴鄉(xiāng)、路吉鄉(xiāng)和打賓鄉(xiāng)的頂肖村、偉俄村、打賓村合并為壩賴鎮(zhèn)，納院村委會隸屬壩賴鎮(zhèn)；1998年，納院村委會隸屬壩賴鎮(zhèn)；2005年，壩賴鎮(zhèn)更名為雙江鎮(zhèn)，納院村委會隸屬雙江鎮(zhèn)；2007年，實行村級整合，將納院村和偉俄村合并為納院村，納院村委會隸屬雙江鎮(zhèn)；2016年，行政區(qū)劃調整，將達央鄉(xiāng)和雙江鎮(zhèn)合并為雙江鎮(zhèn)，納院村委會隸屬雙江鎮(zhèn)。