秦時屬象郡、桂林郡地。
兩漢至?xí)x時屬潭中郡地。
南朝時屬齊熙郡地。
隋時為始安郡義熙縣地。
唐為融州地。
宋政和年（1054），在今老堡口置“三口砦（寨）”；崇寧四年（1105）改置懷遠(yuǎn)軍，同年改為平州，后廢州置懷遠(yuǎn)縣，為轄境置縣之始。
歷南宋、元至明初，250多年間幾經(jīng)變更。
明洪武八年（1375）改置三江鎮(zhèn)巡檢司，洪武十三年（1380）復(fù)置懷遠(yuǎn)縣，屬柳州府。
明嘉靖年間（1522-1566）因農(nóng)民起義，縣治遷寄融縣。
明萬歷十九年（1591），縣治遷回丹洲。
1914年改為三江縣。
1932年遷治古宜。
1949年12月三江縣解放，隸屬廣西省柳州專區(qū)管轄。
1952年12月3日三江縣通過建立縣級三江侗族自治區(qū)的決議，由此確定每年12月3日為三江侗族自治縣成立紀(jì)念日。
1953年4月23日，經(jīng)政務(wù)院批準(zhǔn)，三江縣正式改為三江侗族自治區(qū)（縣級），隸屬由柳州專區(qū)更名的宜山專區(qū)。
1955年9月18日廣西省人民委員會報國務(wù)院備案，三江侗族自治區(qū)（縣級）改為三江侗族自治縣。
1958年7月19日，經(jīng)國務(wù)院批準(zhǔn)，改屬由宜山專區(qū)更名的柳州專區(qū)。
1971年屬由柳州專區(qū)更名的柳州地區(qū)。
2002年9月29日，國務(wù)院批準(zhǔn)（國函[2002]88號）原柳州地區(qū)的三江侗族自治縣劃歸柳州市管轄。