清朝時期，小董鎮(zhèn)境域屬欽州。
民國十九年（1930年），設小董鎮(zhèn)及小董鄉(xiāng)，屬欽縣。
民國三十年（1941年)，合并為小董鎮(zhèn)。
1950年，改為小董鄉(xiāng)。
次年春，分設12個鄉(xiāng)（鎮(zhèn)）。
1957年10月，12個鄉(xiāng)（鎮(zhèn)）合并為小董鄉(xiāng)。
1958年秋，并入設小董公社。
1961年6月，分設小董、奇陵2個公社。
1963年春，2個公社合并為小董公社。
1984年9月，小董公社撤改為小董鎮(zhèn)。
1989年，小董鎮(zhèn)設16個村公所、1個居委會、37個村委會。