宋皇祐五年（1053）始置崇善縣。
劉介《廣西縣名考原述略》以為其地在邊荒，民獷悍，期其自善，因而以此為名，亦情化歸誠之意。
1940年四月，崇善縣改屬第十二行政督察區(qū)，1942年三日，崇善縣改屬第七行政督察區(qū)。
1949年12月19日，崇善縣解放，屬龍州專區(qū)。
1950年1月14日，左縣解放，屬龍州專區(qū)。
1952年8月11日，撤銷崇善、左縣兩縣，合并設(shè)立崇左縣。
1953年4月23日，崇左專區(qū)與賓陽專區(qū)合并置邕寧專區(qū)，崇左縣因此改屬。
1956年3月2日，崇左縣改屬桂西僮族自治州。
1957年12月20日，崇左縣改屬邕寧專區(qū)。
1958年12月，撤銷崇左、扶綏兩縣，合并置左江縣。
1959年5月10日，撤銷左江縣，恢復(fù)崇左、扶綏兩縣，屬南寧專區(qū)。
1971年，崇左縣改屬南寧地區(qū)。
2002年12月23日，崇左縣改為江州區(qū)，隸屬地級崇左市。