據(jù)坪山宋代遺址推測，至少在南宋時(shí)期，已有大批從中原南遷而來的漢人在此繁衍生息。
當(dāng)時(shí)坪山地區(qū)名為“東頭嶺山”。
清康熙二十三年（1684）至乾隆四十五年（1780），曾、張、黃、戴四姓先后從廣東興寧、韶關(guān)和福建等地遷居“東頭嶺山”周圍落戶。
因當(dāng)?shù)氐貏?shì)較為平坦，僅東南部有一較高的田頭山，其余均為低矮山丘或平地，故名“坪山”，名稱沿用至今。
1949年10月至1958年10月，屬惠陽縣。
1958年10月，成立坪山人民公社，11月，劃歸寶安縣管轄。
1966年5月，坪山公社并入龍崗公社。
坪山地域?qū)賹毎部h龍崗公社。
1976年12月，龍崗析分坪山公社。
坪山地域?qū)賹毎部h坪山公社。
1979年3月，撤銷寶安縣設(shè)立深圳市。
坪山屬深圳市坪山公社。
1982年11月，恢復(fù)寶安縣建制，屬寶安縣坪山公社。
1983年7月，撤銷公社建制，改稱寶安縣坪山區(qū)。
1986年10月，撤坪山區(qū)設(shè)坪山鎮(zhèn)、坑梓鎮(zhèn)。
1992年，撤銷寶安縣，設(shè)立寶安區(qū)、龍崗區(qū)，坪山鎮(zhèn)、坑梓鎮(zhèn)屬龍崗區(qū)。
2009年6月，深圳市實(shí)施城市功能區(qū)體制改革，在大工業(yè)區(qū)及坪山、坑梓街道的基礎(chǔ)上，建立坪山新區(qū)，原“深圳市大工業(yè)區(qū)（廣東深圳出口加工區(qū)）管理委員會(huì)”更名為“深圳市坪山新區(qū)管理委員會(huì)”，加掛“廣東深圳出口加工區(qū)管理委員會(huì)”牌子。
“深圳市大工業(yè)區(qū)”正式退出歷史舞臺(tái)，廣東深圳出口加工區(qū)繼續(xù)保留，并于2020年6月升級(jí)為深圳坪山綜合保稅區(qū)。
2016年9月，國務(wù)院同意設(shè)立坪山區(qū)。