石正原名“石窟”，原屬程鄉(xiāng)縣（今梅縣），明嘉靖四十三年（1564年）改屬平遠(yuǎn)縣至今。
明崇禎七年（1634年）石窟都改名為石正都。
清康熙二十二年（1683年）廢都、堡建置，平遠(yuǎn)設(shè)15個鄉(xiāng)，石正屬其中一個鄉(xiāng)，并一直保持到清末。
民國期間，石正先后劃為平遠(yuǎn)縣第六區(qū)、第三區(qū)和石正鄉(xiāng)。
1949年5月，平遠(yuǎn)解放后，石正屬第七區(qū)，轄7個村。
1950年3月，石正改屬第四區(qū)。
1952年6月，平遠(yuǎn)、蕉嶺合縣時，石正屬蕉嶺第八區(qū)；1954年3月，平、蕉分縣后，石正屬平遠(yuǎn)縣大柘區(qū)。
1956年12月，設(shè)立石正鄉(xiāng)。
1958年9月，石正鄉(xiāng)屬大柘人民公社。
1961年1月，石正和大柘分為兩個公社。
1983年12月，恢復(fù)區(qū)鄉(xiāng)建制。
1986年11月，撤區(qū)建鎮(zhèn)。
1999年3月，石正鎮(zhèn)撤管理區(qū)辦事處。