九溪澳村清屬福建省詔安縣青澳區(qū)，稱九歸鄉(xiāng)。
1914年屬?gòu)V東省南澳縣第一區(qū)（深澳、青澳），稱九歸漏村。
1952年屬第二區(qū)青澳鄉(xiāng)合作社，稱九溪澳生產(chǎn)大隊(duì)。
1969年稱九溪澳村革命委員會(huì)，1980年恢復(fù)生產(chǎn)大隊(duì)，1986年屬云澳鎮(zhèn)，稱九溪澳村民委員會(huì)。
2004年村居調(diào)整規(guī)模與九溪澳村委會(huì)合并稱溪蘭村委會(huì)，撤銷九溪澳村委會(huì)。
2017年撤銷溪蘭村民委員會(huì)，后蘭、九溪澳村再次分設(shè)，成立九溪澳村民委員會(huì)，并沿用至今。