明清時，版村屬景順鄉(xiāng)文儲都。
民國時期，版村屬二區(qū)文儲鄉(xiāng)，后文儲與安太鄉(xiāng)合并稱文安鄉(xiāng)，后改稱民安鄉(xiāng)。
建國后，版村屬二區(qū)民安鄉(xiāng)。
1951年12月設版村鄉(xiāng)，屬高明縣二區(qū)。
1957年9月劃歸鶴山縣管轄。
1958年設版村大隊，屬鶴山縣雙合公社。
1982年高明縣恢復建制后，版村大隊從原高鶴縣雙合公社劃歸高明縣更樓公社。
1983年稱版村鄉(xiāng)，屬高明縣更樓區(qū)。
1987年設版村村民委員會。
1989年稱版村管理區(qū)，屬高明縣更樓鎮(zhèn)。
1999年設立版村村民委員會，屬高明市更樓鎮(zhèn)。
2005年高明區(qū)部分鎮(zhèn)（街道）行政區(qū)劃調(diào)整，改屬高明區(qū)更合鎮(zhèn)。