據明朝萬歷四十三年（1615）編纂的《雷州府志》記載，今赤坎區(qū)境內，稱赤坎埠，建有文章東村、文章西村，距縣城20里。
清代，赤坎漸成繁華港埠，自然形成大通、福建、高州、潮州、南興、藥行等街區(qū)。
同時成立高州、潮州、雷陽、閩浙、廣府5大會館以及商務分會、同鄉(xiāng)會、行業(yè)公會等民間組織，處理朝廷民間商務及朝廷行業(yè)之間的關系事宜。
清代，順治十三年（1656），頒布了《禁海令》，至康熙三年（1664），清廷屢次“海禁”、“遷界”，赤坎埠幾近廢棄；康熙二十四年（1685），清廷宣布“開海貿易”，赤坎埠等10個港口設立貿易口岸；光緒二十六年（1900），清廷批準《廣州灣租借條約》，租期99年。
從此，赤坎淪為法租借地，被劃為廣州灣“四區(qū)”之一；宣統(tǒng)三年（1911），廣州灣頒布《東法總督改組廣州灣行政及司法之命令》，廢除區(qū)制，采用“代表制”；廢麻斜市，設西營、赤坎市。
民國三十四年（1945），國民政府收回廣州灣，設立湛江市，分置赤坎區(qū)公所，實行保甲制至1949年12月。
中華人民共和國成立后，于1950年11月，赤坎區(qū)人民政府(市政府派出機構)成立；1953年9月，湛江市撤銷中共赤坎區(qū)，把東山、調順、百姓3個鄉(xiāng)劃歸湛江市潮滿區(qū)管轄;撤銷中山、海萍兩個街道，成立赤坎中心街道；1958年1月，設赤坎辦事處；1984年，經國務院批準設立赤坎區(qū)，為湛江市轄縣級區(qū)。