明朝順八年（1464年），肅王府在榆中境內(nèi)勘察王井（墓地），設(shè)置牧場、祿地，其村莊耕地便成為皋蘭甌脫地。
據(jù)清宣統(tǒng)元年（1909年）《皋蘭縣地理調(diào)查表》記載：馬家集屬皋蘭甌脫地。
嗣后，這些甌脫地隨區(qū)劃變更，劃入金縣（榆中縣）。
從清宣宗《道光年間金縣境域圖》中所繪，屬金縣長樂里管轄。
民國十六年（1927年）將里改區(qū)，屬第二區(qū)高崖村。
民國三十五年（1946年），屬高崖保所轄。
1949年8月16日榆中解放后，屬高崖鄉(xiāng)管轄。
1961年高崖生產(chǎn)隊從中劃分出馬家集大隊。
1990年根據(jù)《組織法》，村社改為行政村、村民小組，將此地改為馬家集村，并成立村委會，后一直使用此名至今。