兩漢、北朝北魏、西魏時(shí)期，昌寧鎮(zhèn)境域?qū)傩h。
北朝北周至隋時(shí)，屬姑臧縣。
唐時(shí)，屬明威府。
元時(shí)，永昌路。
明時(shí)，屬鎮(zhèn)番衛(wèi)。
清時(shí)，屬鎮(zhèn)番縣。
清乾隆二十七年(1762年），開(kāi)墾。
民國(guó)二十三年（1934年），屬第一區(qū)，為昌寧鄉(xiāng)。
民國(guó)二十五年（1934年），屬第一區(qū)，為東西昌寧聯(lián)保。
民國(guó)三十六年（1947年），屬大壩鄉(xiāng)。
1950年1月，屬第八區(qū)，為第八鄉(xiāng)。
1953年12月，屬第二區(qū)，為昌寧鄉(xiāng)。
1956年9月，仍為昌寧鄉(xiāng)。
1958年10月，成立昌寧公社。
1960年7月，并入“八一“農(nóng)場(chǎng)，為八分場(chǎng)。
1961年3月，從“八一“農(nóng)場(chǎng)劃歸民勤縣，仍為昌寧公社。
1983年4月，設(shè)昌寧鄉(xiāng)。
2015年，撤鄉(xiāng)，設(shè)昌寧鎮(zhèn)。