宋、元時(shí)期,屬莆田縣感德鄉(xiāng)南匿里;明清時(shí)期,屬莆田縣四區(qū)南匿里;民國(guó)初年歸省府直轄;1934年,屬福清縣九區(qū);1935年,改為省轄特種區(qū),屬福清縣四區(qū);1940年,屬莆田縣南日鄉(xiāng);1943年,屬莆田縣南日鄉(xiāng)五嶼村;中華人民共和國(guó)成立后,屬莆田縣十三區(qū)五嶼村、二十四區(qū)、南日區(qū)五嶼鄉(xiāng);1957年,改為莆田縣南日鄉(xiāng)五嶼高級(jí)社;1958年,改為莆田縣南日人民公社五嶼大隊(duì);1961年,改為莆田縣南日人民公社小日大隊(duì);1984年,改為莆田縣南日鄉(xiāng)小日村;1993年12月屬莆田縣南日鎮(zhèn);2002年2月,屬秀嶼區(qū)南日鎮(zhèn)小日村;2015年搬遷。