1943年，屬莆田縣南日鄉(xiāng)五嶼保；中華人民共和國成立后，屬莆田縣十三區(qū)五嶼保、五嶼鄉(xiāng)，二十四區(qū)五嶼鄉(xiāng)，南日鄉(xiāng)五嶼鄉(xiāng)；1958年，改為莆田縣南日人民公社五嶼鄉(xiāng)；1961年，改為莆田縣南日人民公社雙島大隊(duì)；1968年，改為莆田縣南日人民公社赤山大隊(duì)；1984年，改為莆田縣南日鄉(xiāng)赤山村；1993年屬莆田縣南日鎮(zhèn)；赤山村第一批于2015年10月份、第二批2016年10月份搬遷至南日鎮(zhèn)三墩村草湖。
2002年2月，屬秀嶼區(qū)南日鎮(zhèn)赤山村。