宋朝時期為太平鄉(xiāng)崇教里、施興里。
元、明、清分別隸屬四十一、四十二、四十四都。
民國年間置延平鄉(xiāng)。
1949年解放后先后編為十一區(qū)、十七區(qū)，1958年成立石井公社，1984年改為石井鎮(zhèn)。
隋代就有人于漁耕生息，唐辟“海上絲綢之路”，宋設(shè)“石井津”置“巡檢司”，明建“靖海寨”筑“煙墩銃城”，清初是鄭成功屯師復(fù)臺基地之一。
清順治十八年（1661年）重劃歸南安縣屬，民國初設(shè)延平鄉(xiāng)，后改為石井鎮(zhèn)。
石井其有濃厚的歷史文化積淀，宋理學(xué)家朱熹曾多次到石井楊子山書院講學(xué)，故有“理學(xué)淵源開石井”的贊譽(yù)。