宋代屬永寧鄉(xiāng)仁壽里。
元、明屬壽寧鄉(xiāng)仁壽里十二都。
清代，蓮埔、溪坪、峰洋等10個自然村屬淳化鄉(xiāng)。
民國初屬第四區(qū)五團(tuán)，后屬二區(qū)雙芝鄉(xiāng)。
1949年9—12月成立雙溪鄉(xiāng)，轄溪村、上蓮、石豐、秋園4個保。
1950年設(shè)石豐、上蓮、溪村3個鄉(xiāng)屬第四區(qū)。
1958年設(shè)上蓮、溪村、石峰3個大隊屬池園公社。
1961年由池園公社分設(shè)上蓮公社。
1964年又并入池園公社。
1980年復(fù)分設(shè)上蓮公社。
1984年7月改為上蓮鄉(xiāng)人民政府。
2004年7月28日，福建省人民政府批復(fù)同意閩清縣后佳鄉(xiāng)、佳頭鄉(xiāng)并入上蓮鄉(xiāng)，保留佳頭農(nóng)場，受上蓮鄉(xiāng)黨委、政府領(lǐng)導(dǎo)和管理，設(shè)立后佳辦事處。