始建于唐朝時期。
明清兩朝屬歸化縣歸上里六都，1941年為道南鄉(xiāng)胡東保肖家山村，1950年為第一區(qū)胡坊鄉(xiāng)，1954年為胡坊區(qū)肖家山鄉(xiāng)，1956年明溪和三元縣合并為三明縣，1958年屬三明縣上游人民人民公社，1959年屬胡坊公社，1964年恢復明溪縣胡坊公社肖家山大隊，1982年為胡坊區(qū)肖家山人民政府，1987年屬胡坊鄉(xiāng)。
1995年胡坊撤鄉(xiāng)建鎮(zhèn)后，稱胡坊鎮(zhèn)肖家山村村委會，名稱沿用至今。
2012年被住建部、文化部、財政部聯(lián)合列入首批“中國傳統(tǒng)村落名錄”，2015年首批“市級歷史文化名村”，2016年為“省級生態(tài)村”。