馬頭村1949年前為萬足鄉(xiāng)第八保轄。
1951年從第八保分出，以境內(nèi)地名馬頭山取名置為馬頭村，因由萬足鄉(xiāng)析置朗溪鄉(xiāng)而隨劃。
1953年冬，析朗溪鄉(xiāng)西部置馬頭鄉(xiāng)，村被劃屬。
1956年1月，廢馬頭鄉(xiāng)入朗溪鄉(xiāng)，村復(fù)歸朗溪鄉(xiāng)。
1958年改稱馬頭大隊(duì)。
屬朗溪人民公社。
1965年改稱六大隊(duì)。
1972年更名馬頭大隊(duì)。
1984年1月，改公社為鄉(xiāng)，馬頭大隊(duì)改稱馬頭村，同時(shí)設(shè)立馬頭村村民委員會，隸朗溪鄉(xiāng)。
2003年12月將原四家村4、5、6組、大井村4組并入馬頭村。