1949年10月新中國(guó)成立后，成立高祖行政村隸屬高祖鄉(xiāng)，村址設(shè)在高祖集自然村；1956年更名為高祖高級(jí)社；1958年10月“正社合一”，更名為高祖生產(chǎn)大隊(duì)，隸屬善厚人民公社；1984年4月，撤鄉(xiāng)并設(shè)，更名高祖行政村，同年底更名為高祖村村民委員會(huì)，隸屬善厚鄉(xiāng)；2001年9月，因行政區(qū)劃調(diào)整，撤銷善厚鄉(xiāng)設(shè)立善厚鎮(zhèn)；2004年9月，由雙山、高祖兩個(gè)村民委員會(huì)合并為高祖村村民委員，隸屬善厚鎮(zhèn)；2006年4月，高祖村、港口村兩個(gè)村民委員會(huì)合并為高祖村村民委員會(huì)，隸屬善厚鎮(zhèn)。